Μια υπόθεση είναι μια παραδοχή ή ένα σύνολο παραδοχών που βασίζονται σε περιορισμένα στοιχεία και που είτε:

α) υποστηρίζει κάτι ως αφετηρία για περαιτέρω έρευνα ή

β) επιβεβαιώνει κάτι ως πολύ πιθανό υπό το φως των αποδεδειγμένων γεγονότων.

Για να είναι μια υπόθεση επιστημονική, απαιτείται να μπορεί να ελεγχθεί. Μια λειτουργική υπόθεση είναι μια προσωρινά αποδεκτή υπόθεση που προτείνεται για περαιτέρω έρευνα.

Για τους σκοπούς της ανάπτυξης φαρμάκων, το ενδιαφέρον επικεντρώνεται στην υπόθεση που υποστηρίζει κάτι, «για παράδειγμα ότι μια νέα θεραπεία για μια ασθένεια είναι καλύτερη από την υπάρχουσα τυπική θεραπεία».